Foi um dos fundadores da Conferência Nacional dos Bispos do Brasil e grande defensor dos direitos humanos durante o regime militar brasileiro. Pregava uma Igreja simples, voltada para os pobres e a não-violência. Por sua atuação, recebeu diversos prêmios nacionais e internacionais. Foi o único brasileiro indicado quatro vezes para o Prêmio Nobel da Paz. Entretanto, foi acusado por seus opositores de ser conivente com o marxismo, ideologia contrária aos princípios cristãos.
Em 1956, fundou a CRUZADA SÃO SEBASTIÃO, com a finalidade de dar moradia decente aos favelados.
Suas posições políticas lhe renderam pesadas críticas, sendo seu algoz nos meios de comunicação o jornalista e teatrólogo Nélson Rodrigues, que afirmava que "D. Helder só olha o céu para saber se leva ou não o guarda-chuva".
Em 1984, ao completar 75 anos, apresentou sua renúncia. Em 15 de julho de 1985, passou o comando da Arquidiocese a Dom José Cardoso Sobrinho. Continuou a viver em Recife, nos fundos da Igreja das Fronteiras, onde vivia desde 1968. Morreu aos 90 anos em Recife no dia 27 de Agosto de 1999.
